NA NA NAD: Dòigh-obrach ioma-omics gus an tumor aonaichte a mhapadh

NA NA NAD: Dòigh-obrach ioma-omics gus mapadh an tumor tumor, dìon dìon agus dìomhaireachd de aillse colachd a 'nochdadh eadar-obrachadh an microbiome le siostam dìon
Ged a chaidh bith-bhiollaich airson cliomichean colorail bun-sgoile a sgrùdadh gu mòr anns na bliadhnachan mu dheireadh, stiùireadh clionaigeach gnàthach no lorg neo-chunbhalachd DNA (MSI) (MSI) a dhearbhadh. Tha luchd-rannsachaidh air mothachadh a chomann eadar freagairtean dìon gine stèidhichte air faireachdainn, agus tùis tma ann an corel Genome Corimool agus Survival Eusramach.

Leis gun deach feartan, caochlateachdail a dhèanamh air a 'phrìomh aillse color bun-àite, a' gabhail a-steach aillse cealla, dìon-uisge, no nàdar neo-àbhaisteach de bhuilean clionaigeach, ach tha e glè bheag de thuigse ann a bhith a 'toirt buaidh air toraidhean euslaintich.
Gus an dàimh eadar iom-fhillte agus toradh a sgaoileadh, rinn sgioba de luchd-rannsachaidh bho Institiùd Sidra de dh 'euslaintich le bhith a' cothlamadh cuid de fheartan meanbh-bheothachaidh agus baidhsagachd bacadh (ICR). Chluich an sgioba mion-sgrùdadh fìor-inntinn de shamhlaichean ùra reòta bho 348 euslaintich, a 'toirt a-steach stuth de thungan-creige fallain RRUBSE a bharrachd gus an dearbhadh gu lèir a mhìneachadh. Chaidh an sgrùdadh fhoillseachadh ann an leigheas nàdair mar "atlas tumhair, dìonach is microobiome atlas aillse coloin".

Artaigil air fhoillseachadh ann an leigheas nàdair

Sealladh farsaing ACMA

Chleachd luchd-rannsachaidh àrd-ùrlar genomic orthogowal gus an sgrùdadh a dhèanamh air staidhrichean tumaidh frooden ùr agus a 'maidseadh gu bheil paidhir coloin fallain a tha faisg air euslaintich le foillseachadh eachdraidh aillse coloin às aonais leigheas siostamach. Stèidhichte le sreathan-cèill slàn (WES), smachd càileachd dàta Rna-SEE, agus a 'solarachadh Slat-eòlas bho 348 euslaintich le sgrùdadh sìos an abhainn le leantainneachd sìos de 4.6 bliadhna. Thug an sgioba rannsachaidh ris an goireas seo Sidra-Lumac: mapa agus stiùireadh mu dhùthaich dìomhaireachd (Figear 1).

Seòrsachadh Molecular a 'cleachdadh ICR

A 'glacadh seata de modlar de chomharran ginte dìon airson aillse aillse a-muigh, ris an canar an gnìomh dìonach a tha ga thoirt a-steach do dhiofar sheòrsaichean aillse, a' toirt a-steach melanoma, aillse bladder, agus aillse claoidh. Tha ICR cuideachd air a bhith co-cheangailte ri freagairt bamna-mhothachadh ann an grunn sheòrsachan aillse, nam measg aillse broilleach.

An toiseach, bha an luchd-rannsachaidh air an ainm-sgrìobhte ICR cohort at-ICA a dhearbhadh gus an Cohort a sheòrsachadh trì clàranan / fomaadan àrda), tumorsaich àrd) (figear 1b). Bha luchd-rannsachaidh a 'comharrachadh a' chùis dìon co-cheangailte ri fo-thoraidhean co-aontachd (CMS), seòrsachadh stèidhichte air tar-sgrìobhadh de aillse coloin. Am measg nan roinnean CMS1 / dìonach, CMS2 / Canonical, CMS3 / Metabolic agus CMS4 / Menschymal. Sheall anailis gun robh sgòran ICR gu h-àichte le slighean crann aillse aillse anns a h-uile fo-thiodhla-chmis agus cearcall adhartach a-mhàin air an cumail ach ann an tubhailean CMS4.

Anns a h-uile CMS, bha fo-phàirtean Cell agus PFS aig pailteas pailteas a bha ann an fo-thùs cealla àrd agus PFS ann an cruthan adhartach (Figear 1D).

Figear 1. Dealbhadh ionnsachaidh ACMA, ainm-sgrìobhte gèilleadh co-cheangailte ri dùsdach, fo-thaic mòra agus co-mhaireachdainn.
Bidh TFR a 'glacadh tumhair-dìorrach, air a bhallachadh le ceallan
Cha deach ach beag-chuid de chlagan-de bhith a 'in-bhladh tumor a' toirt aithris sònraichte airson a bhith sònraichte airson antigens tumor (nas lugha na 10%). Mar sin, thathas a 'toirt iomradh air a' mhòr-chuid de bhuill intra-tumor t ceallan mar a bhios iad a 'cealla-chillidh t Ceallan (BàTaunder t ceallan). Chaidh an co-dhàimh as làidire a cho-dhàimh leis an àireamh de cheallan gnàthach le tcs toraidheach fhaicinn ann an scalairean Stromal agus fo-phoolaichean lukockaccyte (a ghabhas cleachdadh gus tuairmse a dhèanamh air fo-thagraidhean t Cell (Figear 2a). Anns na buidhnean ICR (Seòrsachadh Uile gu lèir agus CMS), chaidh an clonality seq Infune Squnes SecSune CMS1 / Buidhnean dìonach (leis a 'chuibhreann as àirde de thubhailean ICR-àrd. Bha cleachdadh an tar-sgrìobhadh gu h-iomlan (18,270 gine), sia geansaidhean (IFNG, IRF1, Gzma, agus cxcl10, Figear 2D). Tha Infunoseq TCR a 'coimhead nas làidire leis a' mhòr-chuid de ghinean nas làidire na na corran a chaidh a choimhead a 'cleachdadh Tumor-ath-fhreagarrach (Figear 2F agus 2G). Anns a 'cho-dhùnadh, tha an làn mhion-a-mach gu h-àrd a' sealltainn gu bheil an ainm-sgrìobhte ICR a 'glacadh a bhith a' glacadh chillean-tumaidh agus faodaidh iad a bhith a 'mìneachadh a' bhuaidh phreadanigeach aige.

Figear 2. Metress tocr agus co-dhàimh le gnè co-cheangailte ri dìon-làimh, fo-thaic moolecular.
Co-obrachadh microbiome ann an stuth aillse fallain agus coloin
Chluich an luchd-rannsachaidh 16sg rrna reamhrachadh le bhith a 'cleachdadh DNA a chaidh a thoirt bho thunor tumhair agus clò dath fallain bho 246 euslaintich (Figear 3a). Airson dearbhadh, an luchd-rannsachaidh air an sgrùdadh, a 'cur an-dràsta air an sgrùdadh 16S RRNA Dàta a' lughdachadh dàta bho 42 sampalachd tumhair a bha a 'maidseadh DNA àbhaisteach airson anailis. An toiseach, rinn an luchd-rannsachaidh coimeas ri pailteas coitcheann lusan eadar tubhailean maidsidh agus clò coloin fallain. Chaidh leth-bhuraidhean clotridium a mheudachadh gu mòr anns na tumaichean an coimeas ris na sampaill fallain (Figear 3a-3D). Cha robh eadar-dhealachadh mòr ann an iomadachd alpha (iomadachd agus piseach air gnèithean ann an aon sampall) eadar spùran tumor-àrd an coimeas ri tumors micr-ìosal.
Gus comainn buntainneach a lorg gu clionaigeach eadar ìomhaighean microbial agus toraidhean clionaigeach, ag amas air dàta a tha a 'comharrachadh 3sg dàta a tha a' comharrachadh gu fèin-dhèanta a chleachdadh a tha a 'ro-innse mu bhith a' nochdadh mairsinn beò. Aig ACMMA246, ruith an luchd-rannsachaidh Modail ath-thogalach OS Cox a thagh 41 dhiubh le co-èifeachdan neo-neoni ann), ris an canar luchd-clas-chlasaichean eadar-dhealaichte).
Anns an coshort trèanaidh seo, bha sgòr mbbr ìosal (MBB <0, ìosal MBR) co-cheangailte ri cunnart bàis (85%). Dhaingnich luchd-rannsachaidh eadar an a 'Chomann eadar MBR (cunnart) agus OS fada a chaidh a dhearbhadh gu neo-eisimeileach (ICAM42 agus TCGA-coad). (Figear 3) Sheall an sgrùdadh co-dhàimh làidir eadar Coccia Endogalic Cocci agus MBRRes, a bha coltach ann an clò tumhair agus fallain.

Figear 3. Microbiome ann an tumhair agus toitean fallain agus an dàimh le ICR agus maireann fialaidh eunaltradh.
Co-dhùnadh
Tha an dòigh-obrach ioma-ùine a thathas a 'cleachdadh san sgrùdadh seo a' toirt comas do chlò-ghairm moilebhe a 'fhreagairt dìonach ann an aillse na dath agus a' nochdadh an eadar-obrachadh eadar am microbiome agus an siostam dìon. Sheall sgrìobhadh de thcr agus stuth-staile fallain gu bheil cluaisean cealla-cealla-cealla-sònraichte ann an cladhan tumor agus is dòcha tumhair.

Le bhith a 'dèanamh anailiseachadh air dòigh Microbiome tu fhèin a' cleachdadh sgrìobhadh 16s rrna a 'leum ann an sampaill ACMA, chomharraich an sgioba ainm-sgrìobhte microbiome (sgòr cunnairt MRBN-cunntais) le luach làidir. Ged a bha an ainm-sgrìobhte seo a 'tighinn bho sampallan tumaidh, bha co-dhàimh làidir eadar slighean co-ghluasaid fallain agus Tumor MBor Mbriome Descturence Deshitation Deshicument Desendings Tousties. Le bhith a 'cothlamadh na sgòran ICR agus deRBr, bha e comasach comharraiche ioma-mhiannach ioma-mhiannach a chomharrachadh agus dearbhadh gu mairsinn ann an euslaintich le aillse colon. Tha Deactt ioma-othic an sgrùdaidh a 'toirt goireas gus tuigse nas fheàrr fhaighinn air bith-eòlas aillse coloin agus cuidich le bhith a' faighinn suas dhòighean-obrach leigheas pearsanaichte.

Fiosrachadh:
Roelands, J., Kuppen, PJK, AHMED, EI et al. Atlas tumor tumor, dìonach is microbiome de aillse coloin. Nat Med 29, 1273-1286 (2023).